Sujet de TER Ensimag 2008-2009
Représentation de connaissances anatomiques a priori dans des modèles géométriques : le cas du genou


(1) Simulation du comportement d'un genou	(2) Nomenclature anatomique

(Images : Vincent Vansuyt)

Responsables

Sahar Hassan	Franck Hétroy
LJK/EVASION	LJK/EVASION
E-mail : Sahar.Hassan@inrialpes.fr	E-mail : Franck.Hetroy@imag.fr
Tél. : 04 76 61 54 46	Tél. : 04 76 61 55 04

Contexte

Grâce à la présence d'un neurochirurgien professeur d'anatomie dans l'équipe, également titulaire d'un doctorat d'informatique, nous développons à EVASION depuis quelques années des recherches sur les applications médicales de la modélisation géométrique et de la synthèse d'images. Nous travaillons en particulier en ce moment sur les interactions entre bases de données de connaissances anatomiques et les modèles géométriques reconstruits à partir d'images (IRM ou scanner, par exemple). En effet, l'anatomie du corps humain est bien connue et il est intéressant pour diverses applications (comme la pédagogie ou la simulation, voir image 1) de relier les modèles d'organes en 3 dimensions à une sémantique associée : "tel organe s'appelle le foie et il est situé sous le diaphragme", etc.

Dans ce cadre, Sahar Hassan (étudiante en thèse d'informatique) travaille actuellement sur le cas du genou : l'anatomie du genou est compliquée (voir image 2) et certaines structures sont trop petites pour être capturées par les techniques d'imagerie actuelles. Il s'agit donc d'en créer des modèles géométriques à incorporer à un modèle global du genou, en utilisant une base de données de connaissances anatomiques (nom des structures, mais également positions relatives, forme, etc.).

Thème général : imagerie médicale, modélisation géométrique, bases de données.

Sujet

L'étudiant travaillera sur ce sujet en collaboration avec Sahar Hassan, mais interagira également avec d'autres membres de l'équipe (doctorants, chercheurs, ingénieurs) travaillant sur cette thématique. Le sujet exact sera à discuter en fonction des motivations de l'étudiant (aspect plutôt modélisation géométrique ou bases de données). Il comprendra une première partie d'étude bibliographique, et une seconde partie de recherche et développement d'un algorithme en C++ pour modéliser les petites structures anatomiques du genou, à partir de la base de données de connaissances anatomiques myCorporisFabrica [1]. Si l'étudiant est intéressé par l'aspect modélisation géométrique, il pourra utiliser les logiciels Blender ou Maya.

Résultats attendus

Etude bibliographique, plutôt axée modélisation géométrique ou ontologies médicales, suivant l'intérêt de l'étudiant.
Etude et développement en C++ d'un algorithme de modélisation de structures anatomiques du genou à partir d'une base de données de connaissances.

Référence